Από ετυμολογικής πλευράς, το όνομα εμφανώς προέρχεται από την αρχαία ελληνική λέξη η αναφωτίς, της αναφωτίδος. Εννοιολογικά η λέξις είναι άρρηκτα συνυφασμένη με το φως. Το ουσιαστικό η αναφωτίς είναι ένα άνοιγμα που επιτρέπει στο φως του ηλίου να εισέρχεται και να φωτίζει τα σκοτεινά δωμάτια. Στα νέα ελληνικά ονομάζεται ο φεγγίτης, ο φωταγωγός, και στην κυπριακή διάλεκτο η αρσέρα. Κατά πάσαν πιθανότητα, από αυτό τον συσχετισμό ή παραλληλισμό ορμώμενος, ο επινοητής ή επινοητές που πρωτοχρησιμοποίησαν την ονομασία, θα είχαν, ασφαλώς, επηρεαστεί από το γεγονός ότι, σε σύγκριση με πολλά άλλα χωριά, η γενέτειρά μας καταυγάζεται από άπλετο φως, απ’ άκρου εις άκρον.Εις επίρρωσιν της συνάφειας με το φως έρχεται ακόμη και η τουρκική ονομασία της Αναφωτίας: Akkor στα Αγγλικά αποδίδεται incandescent, επί λέξει λευκοπυρωμένη, που όταν ζεσταθεί ή πυρακτωθεί εκπέμπει ένα δυνατό λευκό φως, δηλαδή πάμφωτη. Εν συνδυασμώ με την πρόθεση ανά που κι αυτή δηλώνει κίνηση προς τα άνω, σωματική ή πνευματική ανύψωση ή επανάληψη, το σύνθετο ανά + φως, υπαινίσσεται μια φωταγώγηση ή αναμετάδοση του φωτός που συνεπιφέρει ψυχική, διανοητική, συναισθηματική άνοδο. Συνελόντι ειπείν, αποδιδόμενο ως χαρακτηρισμός θα εσήμαινε το φωτεινό, το φωταυγές, το φωτοβόλο παραθυράκι.Με απλά λόγια Αναφωτία σημαίνει εκείνη που έχει πηγαίο, αυθύπαρκτο φως που όχι μόνο κατακλύζει την ίδια, αλλά μεταδίδεται όλο και ψηλότερα, φέρνοντας ψυχική ανάταση.

Μια ονομασία τόσο πλούσια σε συνειρμούς, που όσες αναδιφήσεις κι αν κάνει κανείς, δεν εξαντλεί τα κοιτάσματα  εννοιών. Είναι άνω, προς τα επάνω, ανώτερη, που ανανεώνει, αναζωογονεί, ανυψώνει με ένα φως τερπνό, φαιδρό,ιλαρό.

Άλλες εκδοχές για το όνομα του χωριού
Κατά τη διάρκεια των ύστερων χρόνων της Φραγκοκρατίας και των πρώιμων χρόνων της Ενετοκρατίας, η Κύπρος δεχόταν εχθρικές, ληστρικές επιδρομές, από γειτονικούς λαούς. Οι κάτοικοι του νησιού για να προστατευτούν, έκτιζαν παρατηρητήρια (πύργους, βίγλες) σε παράκτια υψώματα, από τα οποία ήταν ορατό μεγάλο τμήμα του θαλάσσιου ορίζοντα.Μέσα στα παρατηρητήρια αυτά διέμεναν φύλακες, βιγλάτορες, που ήταν εκπαιδευμένοι στη χρήση των όπλων. Καθήκον τους ήταν να παρατηρούν τη θάλασσα νυχθημερόν και να επισημαίνουν τα πλοία, που έπλεαν προς την παραλία. Όταν αντιλαμβάνονταν εχθρικά πλοία άναβαν μεγάλες φωτιές, για να ενημερώσουν τους κατοίκους της γύρω περιοχής να κρυφτούν στα βουνά, αλλά και τα γειτονικά παρατηρητήρια, που είχαν επίσης τον ίδιο ρόλο.Ένας τέτοιος πύργος, είναι και ο Κούλας της Αναφωτίας, που κτίστηκε επί Ενετοκρατίας, μέσα στην αυλή του οποίου ανάβονταν μεγάλες φωτιές.

Με βάση τα πιο πάνω φαίνεται ότι το χωριό πήρε το όνομά του από την πρόθεση ανά, που φανερώνει την επανάληψη και το ουσιαστικό η φωτιά (ανά + τιά).Το όνομα Αναφωτία αποτελεί ένα πιο λόγιο τύπο της λέξης.Η πιο πάνω εκδοχή ενισχύεται και από το γεγονός ότι στην Αναφωτία υπάρχει τοπωνύμιο που ονομάζεται Βίγλες, πολύ φτωχό σε άστηση.Μία άλλη εκδοχή είναι ότι το χωριό πήρε το όνομα του από την Αγία Φωτεινή, προς τιμήν της οποίας υπάρχει και ομώνυμη εκκλησία.